Marmara Denizi’ne kıyısı bulunan Florya, 19. yüzyıl boyunca avcılar dışında kimsenin ilgisini çekmeyen bir yerleşim bölgesiymiş. Ancak Atatürk’ün bu semte olan ilgisi, Florya’yı da zaman içinde son derece popüler bir yazlık beldeye dönüştürmüş. Florya Atatürk Deniz Köşkü de İstanbul Belediyesi’nin talimatıyla 1935 yılında inşa edilmiş. Atatürk için inşa ettirilen bu görkemli yapının altında mimar Seyfi Arkan’ın imzası bulunuyor. Yazlık bir konut şeklinde inşa edilen köşk, karaya bir köprüyle bağlı. Atatürk, 1935 yılının Ağustos ayında kullanma açılan bu yapıda 1936 yılının haziran ve temmuz aylarında bizzat konaklamış. Hatta bu dönemde bazı toplantılarını da burada gerçekleştirmiş ve Madam Simpson ile Kral VIII. Edward gibi önemli konuklarını da köşkte ağırlamış.
Atatürk’ün bu köşkü kullandığı son tarih 28 Mayıs 1938 olmuş. Kendisinin vefatının ardından, köşk Türkiye Cumhuriyeti Cumhurbaşkanlığı’na ait bir yazlık konuta dönüştürülmüş. Atatürk’ün ardından İsmet İnönü’den Kenan Evren’e kadar uzanan dönemde köşk aktif olarak kullanılmış. 16 Eylül 1988’de ise Cumhurbaşkanlığı köşkü restore edilmek üzere Milli Saraylar Daire Başkanlığı’na devretmiş. Yapılan restorasyon çalışması sonucunda köşkün içine çeşitli dönem eşyaları ilave edilmiş ve böylece bu tarihi yapı Atatürk Müzesi’ne dönüştürülmüş. Köşkün ardında geçmişte Yaverlik ve Genel Sekreterlik binaları da bulunuyormuş. Ancak bu binaların bir kısmı zamana direnememiş, kalanlar da TBMM’ye ait sosyal tesislere dönüştürülmüş.