Topkapı Sarayı’nın birinci avlusunda yer alan Aya İrini Kilisesi, Bizans’ın ilk kilisesi olması nedeniyle tarihte oldukça önemli bir yere sahip. Roma İmparatoru Konstantin, bu yapıyı İstanbul’u yeniden kurduğu sırada, yani 330’lu yıllarda inşa ettirmiş. “Kutsal barış” anlamına gelen Aya İrini, aynı zamanda gerçek adı Penelope olan ve kilisenin inşa ettiği yüzyılda yaşamış bir azize. Rivayete göre, Hristiyanlığı yaymaya çalıştığı sırada putperestler tarafından defalarca öldürülmeye çalışılan Aya İrini, her seferinde mucize sonucu hayatta kalınca putperestlerin de Hristiyan olmasını sağlamış. Böylece azize mertebesine ulaşmış ve Roma İmparatoru Konstantin de inşa ettirdiği ilk dini mabede onun ismini vermiş.
Bizans döneminden günümüze dek ulaşabilen tek artiumlu kilise olan Aya İrini, aslında bu yapının ilk hali değil. İlk Aya İrini Kilisesi ahşap şekilde inşa edilmiş ve 532 yılında çıkan ayaklanma sonucunda yakılmış. Yeniden inşa edilmiş, ancak 564’te bir kez daha yanmış. Üzerine bir de ilerleyen süreçte yaşanan deprem sonucunda büyük hasarlar almış. Neticede tam üç kez ciddi onarımlardan geçen bu kilise, Fatih Sultan Mehmet’in İstanbul’u fethetmesi sonucunda kapsamlı bir bakımdan geçirilmiş. Bir süre boyunca da ordunun silahlarının bakım ve onarım işlemlerinin yapıldığı bir iç cephane olarak kullanılmış.
Söz konusu silahlar artık antika olacak kadar eskidiğinde, yani 19. yüzyılda, Aya İrini müzeye dönüştürülerek Osmanlı’nın ilk müzesi olma unvanını kazanmış. Böylece kapısına 1726 tarihli kitabe de eklenmiş. Hatta Damat Ahmet Fethi Paşa’nın eserleri de 1846 yılında Aya İrini’de sergilenmiş. 1869’da Müze-i Hümayun ismini alan Aya İrini’deki eserler, 1875 yılında Çinili Köşk’e nakledilmiş. 1908’den itibaren askeri müze olarak kullanılan bu yapı, daha sonra Ayasofya’ya bağlı bir birime dönüştürülmüş.