İznik'in tam merkezinde yer alan İznik Ayasofya Camii, tarihin farklı dönemlerinden izleri aynı çatı altında buluşturmuş eşsiz bir yapı. Roma, Bizans ve Osmanlı medeniyetlerinin mimari özelliklerini bünyesinde barındıran tarihi ibadethane, yaklaşık bin 700 yıllık geçmişiyle ziyaretçilerini zamanda yolculuğa çıkmaya davet ediyor. Tarihçesi M.S. 4. yüzyıla uzanan cami, o dönemde Roma döneminden kalan gymnasium temellerinin üzerine bazilika tarzında bir kilise şeklinde inşa edilmiş. Hristiyanların kutsal bilgelik anlamına gelen "Ayasofya" adını verdiği mabet, asırlarca dini bir merkez olarak kullanılmış.
İznik Ayasofya Camii’nin en dikkat çekici özelliklerinden biri, 787 yılında Yedinci Konsül toplantısına ev sahipliği yapmış olması. Bu toplantıda 350 piskopos ve çok sayıda keşişin katılımıyla kiliselerde fresk ve ikonaların serbest bırakılması kararı alınmış. 1065 yılında büyük bir depremde hasar gören kilise, ilerleyen süreçte zemini 1,40 metre yükseltilerek yeniden inşa edilmiş. Bu dönemde yapının mimarisi de önemli ölçüde değişmiş ve aşağı yukarı bugünkü görünümüne kavuşmuş.
1331 yılında Orhan Gazi'nin İznik'i fethetmesiyle birlikte camiye dönüştürülen tarihi ibadethanenin ismi, her zamana aynı kalmış. Ancak bu dönüşümle birlikte yapıya hem mihrap eklenmiş hem de ibadet düzeni İslami kurallara göre yeniden düzenlenmiş. 16. yüzyılda camiyi etkileyen bir yangın sonrasında Kanuni Sultan Süleyman'ın emriyle Mimar Sinan tarafından restore edilmiş. Uzun yıllar tüm ihtişamını koruduktan sonra, Yunan işgali sırasında topa tutulmuş. Hatta bu büyük tahribatın izlerini bugün bile cami duvarlarında görebiliyoruz. Uzun yıllar atıl durumda kalan yapı, 1935-2006 yılları arasında müze olarak hizmet vermiş.
2007-2011 yılları arasında kapsamlı bir restorasyondan geçirilen İznik Ayasofya Camii, 6 Kasım 2011 tarihinden bu yana ibadete ve ziyarete açık. Günümüzde hâlen mimari açıdan üç farklı dönemin izlerini taşıyor ve temelini Roma döneminden kalma mermer ve kesme taşlar oluşturuyor. Orta kısmında Bizans dönemi tuğlaları, üst bölümde ise Osmanlı döneminden kalan kırmızı tuğlalar mevcut. Kısacası, her anlamda binlerce yılın tanığı.